2004年第三军医大学成都军医学院转隶地方并更名成都医学院，原基础医学部药学教研室、药理学教研室、中药学教研室、化学教研室合并组建成了药学系。2007年在药学系的基础上成立药学院，是我校最早建院的学院之一。2001年起开办药学本科专业，2006年药物制剂本科专业获批招生，2014年获批药学硕士专业学位点，2015年开始招收药学硕士研究生，2018年中药学本科专业获批招生，2024年获批中药硕士专业学位点。2019年学校党代会确定药学为学校重点建设学科，2023年被列为四川省“贡嘎计划”双一流学科建设点。

学院现有教职工81人，其中专任教师67人，博士46人，高级专业技术人员35人。享受国务院政府特殊津贴1人，四川省学术技术带头人及后备人选22人，四川省天府峨眉计划领军人才1人，四川省天府峨眉计划青年人才1人，省教学名师1人，四川省有突出贡献的优秀专家1人，四川省特聘专家1人，留学归国人员7人，双师型师资17人。拥有四川省高校重点实验室1个，四川省实验教学示范中心1个，国家中医药管理局二级实验室1个，基于药品研发全产业链的创新创业教育平台1个。拥有分析测试平台、药物新剂型研究与制剂开发平台、药物合成研究平台、中药品种品质与资源开发研究平台、药理学研究平台。建有设施设备配套、功能齐全的教学科研实验室，实验室面积约3500余平方米。近年来，共承担科技部重大新药创制项目3项，获国家自然科学基金10余项，省部级其他各级纵向项目125项，横向新药研究项目14项，科研经费总计逾800万元，发表SCI论文110篇，核心期刊文章200余篇，获授权专利30余项，出版教材及专著12部，各类各级科技进步奖4项。

学院坚持打造“校-企协同、产教深度融合”培养区域医药产业人才的办学特色，现有药学、药物制剂、中药学三个本科专业，药学、中药两个硕士学位点，年招生人数约400余人，其中，药学专业被评为四川省高等本科特色专业、省一流本科建设专业。2018年起，与四川科伦药业股份有限公司联合，在药物制剂专业中开设“科伦班“，培养药品制造创新人才，构建形成了校企”共订培养目标、共建课程体系、共建教学平台、共培师资队伍“的育人体系，辐射药学、药物制剂、中药学等专业。2024年，又与青山利康药业股份有限公司签订了“青山-青苗班”校企联合培养协议。多年来，药学院培养了一大批“下得去、留得住、用的上”的军地行业基层岗位人才5000余名，人才质量获得用人单位的高度认可，育人成果获得四川省教学成果一等奖1项。

学院自2014年获批药学硕士授位资格以来，秉承教育部及教指委对药学专硕的培养定位，坚持联合行业、注重实践，服务需求、保证质量的办学理念，聚焦研究生的岗位胜任力、终身学习力和未来发展力，不断改革传统教学方法，积极参与教指委组织的优秀案例征集活动，大力推动案例教学的实施，经过近十年的积累，取得较为突出的成绩。截止目前，在连续6届全国优秀药学案例征集中共获得16项全国优秀药学案例，均已收入中国专业学位案例中心库，占全国药学专硕文字案例的15.2%。2项全国药学专业学位“精品案例课堂”建设项目获得立项，并在次年7月通过结项验收。近年来，围绕案例教学，获得中国学位与研究生教育学会资助项目1项，四川省教育教学改革项目1项，四川省课程思政项目1项等教育教学改革或案例库建设项目多项。2020年案例教学相关成果获首届全国药学专业学位研究生教育教学成果二等奖，2022年药学专硕人才培养工作获得四川省教学成果二等奖1项。

回望过去，展望未来，在各级领导及教指委的指引下，学院将秉承“博学笃行、精药济世”院训，继续坚持学校的高素质应用型人才培养的办学定位，瞄准行业需求，深化产教融合，培养高素质应用型人才，服务于区域医药卫生事业发展。